首都直下地震などの大災害が発生したとき、新宿区内には、医療救護活動の中心となり主に重傷者の収容・治療を行う災害拠点病院が6病院、主に中等症者や容体の安定した重傷者の収容・治療を行う災害拠点連携病院(救急告示医療機関)が6病院指定されています。また、主に軽傷者に対応する医療救護所が区内10か所に設置されることになっています。災害時にはこれらの病院と医療救護所が協力して救護活動を行います。
大規模な災害では同時に多数の傷病者が発生し、被害の程度と広がりによっては病院の対応能力をはるかに上回る数の傷病者が集中することが予想されます。この場合、より緊急性の高い傷病者から順に治療を行うためにトリアージが行われます。各病院は入り口付近にトリアージを行う場所を設け、その結果に従って重症・中等症者を収容・治療します。また、病院近くに設置された医療救護所でも必要に応じトリアージを行い軽症以外の傷病者は順次病院へ搬送されます。(トリアージについてのより詳しい説明はこちら)